Procedury i zabiegi o inwazyjnym podejściu chirurgicznym, wymagają użycia przez lekarzy stomatologów specjalnych narzędzi stomatologicznych. Ze względu na specjalistyczny charakter tego obszaru niezbędne jest używanie narzędzi chirurgicznych wykonanych z wysokiej jakości materiałów. W skład instrumentarium chirurgicznego wchodzą narzędzia takie jak: Ostrza, igłotrzymacze i skalpele, nożyczki chirurgiczne, które mogą przecinać grubą tkankę, mięśnie, a nawet kości. Wykorzystują one zwykle kombinację ostrych i ząbkowanych ostrzy, aby zapewnić precyzyjne cięcie przy minimalnym uszkodzeniu tkanki. Lekarz stomatolog będzie potrzebował także różnego rodzaju kleszcze, dźwignie czy raspatory. Niezbędne mogą okazać się także łyżeczki zębodołowe zarówno proste, jak i boczne.
